12月份出書的《天然—想法學》發表了一篇詞章,繪出了一種高通量RNA組織測定想法——片斷化測序法Fragmentation財神娛樂出金 sequencing,FragSeq。關連研討由美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫學研討院傳授索菲·薩拉馬Sof財神娛樂城appie Salama所領導的課題組辦妥。
RNA對基因表白和基因組不亂性的調控作用成為近財神娛樂城 老虎機來研討的熱門,而弄清RNA二級組織是懂得RNA性能的第一財神娛樂下載個必須程序。測定非編碼RNA組織的經典想法是化學法和酶法,不過它們一次只能測定一個RNA分子,這種想法不光吃力並且對專業要求高。FragSeq法卻可以在整個轉錄組程度同時對大批RNA進財神娛樂ptt行組織測定。
該研討應用核酸酶P1將小鼠RNA進行片斷化,得到20–100-nt大小片斷;之后在片斷的5″-PO4和3″-OH端差別加上接頭,通過逆轉錄和PCR擴增之后,構建FragSeq文庫并對其進行深測序。為了擔保文庫片斷均是由核酸酶P1剪切產生,薩拉馬等建置了兩個比較組:一組RNA不採用核酸酶P1處置來估計由內源降解產生5″-PO4基團的片斷數,另一組則多加了T4連結酶處置RNA,以此來算計不產生5″-PO4基團的片斷數。通過凝膠電泳分解出目的片斷。最后薩拉馬等應用一種軟件,可以將大批測序結局形式化,使其或許被一種RNA預計軟件讀取,進而預計出RNA二級組織。科學網任春曉編譯
關連想法:片斷化測序法
辦妥人:索菲·薩拉馬課題組
試驗室:美國加州大學圣克魯茲分校霍華德·休斯醫學研討院 加州大學圣克魯茲分校巴斯金工程學院生物分子科學與工程學中央 美國羅切斯特大學物理與天文學系 美國羅切斯特大學生物化學與生物物理系